Aplikasi Whistleblowing System adalah sistem untuk memproses pengaduan/pemberian informasi yang disampaikan baik secara langsung maupun tidak langsung sehubungan dengan adanya perbuatan yang melanggar perundang-undangan, peraturan/standar, kode etik, dan kebijakan, serta tindakan lain yang sejenis berupa ancaman langsung atas kepentingan umum, serta Korupsi, Kolusi, dan Nepotisme (KKN) yang terjadi di lingkungan Kementerian Agama Kabupaten Lingga.

Sistem aplikasi yang disediakan oleh Kementerian Agama Kabupaten Lingga bagi Masyarakat yang Ingin menyampaikan keluhan kepada Kementerian atas pelayanan yang tidak sesuai dengan standar pelayanan, atau pengabaian kewajiban dan/atau pelanggaran larangan oleh pegawai di lingkungan Kementerian.

Pengaduan yang berindikasi pelanggaran akan mudah ditindaklanjuti apabila memenuhi unsur sebagai berikut:
What: Perbuatan berindikasi pelanggaran yang diketahui
Where: Di mana perbuatan tersebut dilakukan
When: Kapan perbuatan tersebut dilakukan
Who: Siapa saja yang terlibat dalam perbuatan tersebut
How: Bagaimana perbuatan tersebut dilakukan (modus, cara, dsb).

Benturan Kepentingan adalah situasi dimana penyelenggara negara, memiliki atau patut diduga memiliki kepentingan pribadi, terhadap setiap penggunaan wewenang, sehingga dapat mempengaruhi kualitas keputusan dan/atau tindakannya. Kepentingan/pertimbangan pribadi tersebut dapat berasal dari kepentingan pribadi, kerabat atau kelompok yang kemudian mendesak atau mereduksi gagasan yang dibangun berdasarkan nalar profesionalnya sehingga keputusannya menyimpang dari orisionalitas keprofesionalannya dan akan berimplikasi pada penyelenggaraan negara khususnya di bidang pelayanan publik menjadi tidak efisien dan tidak efektif. Benturan kepentingan sering pula dimaknai sebagai konflik kepentingan (conflict of interest).

Dalam rangka menerapkan prinsip-prinsip tata kelola pemerintahan yang baik dengan peningkatan pencegahan terjadinya tindak pidana korupsi di lingkungan Kementerian Agama Kabupaten Lingga dilakukan upaya pengendalian gratifikasi. Gratifikasi adalah pemberian dalam arti luas, yakni meliputi pemberian uang, barang, rabat (discount), komisi, pinjaman tanpa bunga, tiket perjalanan, fasilitas penginapan, perjalanan wisata, pengobatan cuma-cuma dan fasilitas lain-lainnya.